Фамилия Аптрахимова сразу привлекает внимание необычным сочетанием звуков — «аптр» в русском языке встречается редко. Это верный признак, что перед нами фамилия не славянского, а тюркского корня, скорее всего татарского или башкирского происхождения. Её основа — мужское личное имя Аптрахим, которое представляет собой диалектный вариант арабского имени Абдрахим (или Абдурахим). В переводе с арабского оно означает «слуга Милостивого» — один из эпитетов, указывающих на служение Всевышнему. Такие имена, образованные от слова «абд» (раб, слуга) в сочетании с одним из 99 имён Аллаха, широко распространены у мусульманских народов.

Суффикс «-ов» в фамилии — классический русский патронимический формант, который в Поволжье и на Урале присоединяли к тюркским именам при русификации. В женском варианте Аптрахимова он указывает на принадлежность к роду человека по имени Аптрахим. Мужская форма, соответственно, Аптрахимов. Фамилия характерна для татар и башкир, особенно в Оренбургской области, Башкортостане и соседних регионах.

Интересно, что имя Аптрахим — не столько искажение, сколько местное произношение: в некоторых тюркских диалектах звук «б» перед «д» мог редуцироваться или заменяться на «п», поэтому «Абдрахим» превращалось в «Аптрахим». Подобные фонетические переходы встречаются и в других фамилиях (сравните Аптрашитов, Аптрахманов). Таким образом, предок носительницы фамилии Аптрахимова был, скорее всего, человеком, которого в татарской или башкирской деревне знали по имени Аптрахим — и это имя дало начало целому роду.

География фамилии довольно узкая, что говорит о локальном бытовании. Встречается она преимущественно в южноуральских и приволжских регионах. В дореволюционной России носители этой фамилии относились к сословиям государственных крестьян или тептярей — особой этносословной группы, близкой к башкирам и татарам. Никакой дворянской ветви у Аптрахимовых нет: фамилия сугубо крестьянская, народная.