Фамилия Аптрахов встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности — в ней нет очевидного тюркского или славянского корня, который сразу подсказал бы значение. Чтобы разобраться, стоит посмотреть на суффикс и возможную основу.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для фамилий, возникших в среде, где русский язык был языком делопроизводства и быта. Основа «Аптрах» — это, скорее всего, искажённое или адаптированное личное имя. Наиболее правдоподобная версия: Аптрахов восходит к арабскому имени Абдуррахман или Абдрахман (в русской огласовке — Абдрахман, Аптрахман). Усечение конечного «-ман» до «-х» — явление нередкое в народной речи: имя сокращали до удобного для произношения варианта «Аптрах», а затем фамилию закрепили как Аптрахов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным прозвищем. В некоторых говорах слово «аптрах» могло означать нечто вроде «растеряха» или «неряха» (от «аптрахать» — испачкать, запачкать), но это предположение слабое: глагол редкий и не имеет широкого распространения. К тому же, фамилии от прозвищ с таким корнем почти не встречаются в документах.

Исходя из имени-основы, предки носителей фамилии Аптрахов, вероятнее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями других тюркских народов Поволжья и Приуралья, перешедшими в православие. Имя Абдуррахман — одно из самых распространённых у мусульман, и его адаптация в русскую фамилию — типичный процесс для XIX века, когда фиксировались фамилии у бывших инородцев. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, что подтверждает эту версию.

В написании фамилии возможны варианты: Аптрахов, Абтрахов, Аптракхов. Встречается и форма Аптраков, где конечная «-х» заменена на «-к» — это тоже следствие народной этимологии, когда незнакомый звук заменяли на более привычный. Самый распространённый и документально закреплённый вариант — с «х» и одной «п».