Фамилия Аптрахов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в XIX веке активно использовали для оформления фамилий у народов Поволжья и Приуралья. Основа «Аптрах» — это не исконно славянское слово, а адаптированное личное имя. Самая убедительная версия: Аптрахов восходит к арабскому имени Абдуррахман (в русской огласовке — Абдрахман, Аптрахман). В народной речи имя сократили до удобного «Аптрах», отбросив конечное «-ман», и фамилия закрепилась в форме Аптрахов. Такое усечение — типичный процесс для бытового произношения, когда длинное имя подгоняли под привычный звуковой строй.

Менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «аптрахать» — испачкать, запачкать. Тогда «аптрах» могло быть прозвищем неряхи или растеряхи. Но это предположение слабое: глагол редкий и локальный, а фамилии от такого корня почти не фиксируются в документах. Поэтому версия с именем Абдуррахман выглядит гораздо правдоподобнее.

Исходя из имени-основы, предки носителей фамилии Аптрахов, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Имя Абдуррахман — одно из самых распространённых у мусульман, и его переход в русскую фамилию — обычный процесс для XIX века, когда фиксировали фамилии у бывших инородцев. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — это подтверждает версию.

В написании фамилии возможны варианты: Абтрахов, Аптракхов, а также Аптраков, где конечная «-х» заменена на «-к». Такая замена — следствие народной этимологии: незнакомый звук заменяли на более привычный. Но самый распространённый и документально закреплённый вариант — Аптрахов, с одной «п» и буквой «х».