Фамилия Аптюшева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Женская форма указывает на мужскую основу — Аптюшев, что буквально означает «сын Аптюша». Фамилию образовали по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяется к основе на мягкий согласный. Отсутствие дворянского суффикса -ский говорит о крестьянском или мещанском происхождении рода.

Самая вероятная версия: прозвище или имя Аптюш восходит к тюркскому слову «апты» — умелый, ловкий. В пользу этого говорит и характерный суффикс -юш, типичный для татарских и башкирских имён (например, Аптюш как уменьшительная форма от Аптрахман или Аптулла). Есть и альтернативное объяснение: Аптюш мог быть диалектным вариантом имени Авдей (в просторечии — Аптей, Аптюш). Менее вероятен финно-угорский след: в марийском языке есть слово «аптыраш» (растеряться, смутиться), но прозвище от такого глагола — скорее исключение, хотя и не невозможное для человека с растерянным видом.

География фамилии подтверждает тюркскую основу. Аптюшева встречается в Поволжье и Приуралье, особенно в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области — зоне исторического смешения русского, татарского, башкирского и чувашского населения. В переписях XIX века носители фамилии числились государственными крестьянами: лично свободными, но приписанными к земле. Типичное ударение — на первый слог (А́птюшева), хотя в южнорусских говорах можно встретить вариант Аптю́шева. Изредка в документах фамилию записывали как Оптюшева — через «о» в начале, из-за акающего произношения в ряде регионов.

Однокоренные фамилии — Аптуков, Аптеев, Аптрашитов — все с тюркской основой и на тех же территориях. Таким образом, носительница фамилии Аптюшева с высокой вероятностью ведёт род из смешанной русско-тюркской среды Поволжья, где предки носили прозвище или имя Аптюш, а сама фамилия закрепилась в конце XVIII — начале XIX века, когда у крестьян массово появились наследственные фамилии.