Фамилия Армаганянц — редкий для России случай армянской фамилии с окончанием на -янц. В отличие от привычного -ян (Петросян, Арутюнян), суффикс -янц — это старая, патронимическая форма родительного падежа множественного числа, означающая «из рода таких-то» или «принадлежащий к дому такого-то». Проще говоря, если Петросян — это «сын Петроса», то Петросянц — «из дома Петросов». Со временем форма на -ян вытеснила -янц в самой Армении, но фамилии на -янц закрепились у армян, переселившихся в Российскую империю (особенно в Ростов-на-Дону, Нахичевань-на-Дону, Крым) и на Северный Кавказ в XVIII–XIX веках.

Основа фамилии — Армаган. Это личное имя или прозвище, которое восходит к тюркскому или персидскому слову «армаган» — «подарок, дар». В армянском языке слово «армаган» (արմաղան) закрепилось в том же значении. Таким образом, Армаган — это, скорее всего, пожелательное имя, которое давали долгожданному или «посланному свыше» ребёнку, либо прозвище щедрого человека, любившего делать подарки. Встречается и родственное имя Армаг, с тем же корнем.

Фамилия Армаганянц, следовательно, означает «из рода Армагана» или «потомок Армагана». Учитывая, что фамилии на -янц в массе своей принадлежали армянам, жившим в Российской империи вне пределов исторической Армении (так называемым «российским армянам»), носитель этой фамилии почти наверняка происходит из среды армянских переселенцев, купцов или ремесленников, осевших в южных городах России. В самой Армении фамилия, скорее всего, имела бы форму Армаганян.

Написание через «ц» в конце (вместо «тс» или «дз») — это русская адаптация звучания армянского суффикса. Ударение обычно падает на последний слог: Армаганя́нц. Фамилия довольно редкая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: все носители с большой вероятностью связаны общим предком не глубже XVIII века.