Фамилия Армаганова — женская форма, производная от Армаганов, и её происхождение почти наверняка уходит корнями в тюркский мир. Основа «армаган» в татарском, башкирском и казахском языках означает «подарок», «дар» или «гостинец». В прошлом у многих народов было принято давать детям имена-пожелания: Армаган — «подарок судьбы» или «дар божий» — вполне могло быть таким личным именем. Соответственно, Армаганов — это «сын Армагана», то есть потомок человека, носившего это имя или прозвище.

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде поволжских татар или других тюркоязычных народов, вошедших в состав Российского государства. Суффикс -ов присоединили к тюркскому имени, чтобы приспособить его к русской грамматической системе. Встречается и вариант Армаганян — это уже армянская патронимическая фамилия, но для русской формы характерен именно суффикс -ов.

Географически фамилия Армаганов/Армаганова привязана к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Самарская области. В дореволюционных записях её носители — чаще всего крестьяне или мещане, но встречались и среди служилых татар, которые могли получить фамилию при переходе в православие или при записи в ревизские сказки.

В словарях тюркских заимствований в русских фамилиях, например у Н. А. Баскакова, слово «армаган» зафиксировано именно как имя-прозвище. Спорных версий практически нет: вариант «от греческого армагеддон» или «от армянского» выглядит натяжкой, поскольку ни фонетически, ни исторически они не подтверждаются. Единственное, что может сбивать с толку, — схожесть с турецким «армаган» (тот же «подарок»), но это лишь подтверждает общетюркский корень.