Фамилия Армаганова — женская форма фамилии Армаганов, и её происхождение почти наверняка связано с тюркским миром. Основа «армаган» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «подарок», «дар», «гостинец». Это слово могло стать личным именем: в прошлом у многих народов было принято давать детям имена-пожелания, и Армаган — «подарок судьбы» или «дар божий» — вполне могло быть таким именем. Соответственно, Армаганов — это «сын Армагана», то есть потомок человека, носившего это имя или прозвище.

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде поволжских татар или других тюркоязычных народов, вошедших в состав Российского государства. Суффикс -ов присоединили к тюркскому имени, чтобы приспособить его к русской грамматической системе. Встречается и вариант Армаганян — это уже армянская патронимическая фамилия, но для русской формы характерен именно суффикс -ов.

Географически фамилия Армаганов/Армаганова привязана к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Самарская области. В дореволюционных записях её носители — чаще всего крестьяне или мещане, но встречались и среди служилых татар, которые могли получить фамилию при переходе в православие или при записи в ревизские сказки.

В словарях тюркских заимствований в русских фамилиях (например, у Н. А. Баскакова) слово «армаган» зафиксировано именно как имя-прозвище. Спорных версий практически нет: вариант «от греческого армагеддон» или «от армянского» выглядит натяжкой, поскольку ни фонетически, ни исторически они не подтверждаются. Единственное, что может сбивать с толку, — схожесть с турецким «армаган» (тот же «подарок»), но это лишь подтверждает общетюркский корень.