Фамилия Артон — редкий случай, когда основа не очевидна, а суффикс отсутствует. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Артон — это чистая основа, оформленная по модели, характерной для фамилий, которые застыли в форме имени или прозвища. Такое строение часто указывает на относительно позднее закрепление фамилии или на её нерусское происхождение. Словообразовательно она стоит особняком, сближаясь с фамилиями вроде Коваль, Швец или Грек, но, в отличие от них, её основа не указывает на профессию напрямую.

Основная версия связывает фамилию с греческим именем Артон (Ἄρτων). В греческом языке «артос» (ἄρτος) означает «хлеб», а Артон — это либо уменьшительная форма от имени Артемий (посвящённый Артемиде), либо самостоятельное имя, восходящее к тому же хлебному корню. Для южнорусских и украинских территорий, где было сильно греческое влияние (особенно в Приазовье, Крыму, Одесской области), такая модель естественна: греческие имена нередко переходили в фамилии без изменений, особенно в среде городских ремесленников или торговцев. География фамилии сегодня размыта, но единичные носители встречаются в Краснодарском крае и Ростовской области — как раз в зоне исторического соседства с греческими поселениями.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Артон. В русских говорах слово «артон» или «артун» фиксируется как диалектное обозначение ленивого, неповоротливого человека или, наоборот, упрямца. В этом случае фамилия образована напрямую от прозвища, минуя патронимический суффикс, что встречается в среде однодворцев или казачества, где фамилии иногда закреплялись в «голом» виде. Вероятнее всего, перед нами фамилия греческого происхождения, адаптированная русским языком, или редкое прозвищное имя, которое не успело обрасти суффиксом.