Фамилия Арутюунян — один из ярких примеров того, как русская орфография исказила армянскую фамилию до неузнаваемости. Правильное написание по-армянски — Արությունյան, что транслитерируется как Арутюнян. Ваш вариант с двойным «ю» — это либо редкая опечатка в паспорте, либо сознательная русификация, когда пытались передать звучание «ю» после «т» более явно. В любом случае, перед нами типичная армянская фамилия, образованная по продуктивной модели.

Основа фамилии — личное имя Арутюн (арм. Հարություն). Это древнее армянское имя, которое переводится как «воскресение» (в христианском смысле — воскресение Христа). Оно восходит к тому же корню, что и слово «haryut`yun» — «воскресение, возрождение». В армянском ономастиконе это одно из самых распространённых имён, наряду с Геворком и Варданом. Суффикс -ян (в классическом написании -յան) — это патронимический показатель, армянский аналог русских -ов/-ев или -ин. Он означает «принадлежащий к роду такого-то» или «сын такого-то». Таким образом, Арутюнян — это «сын Арутюна» или «из рода Арутюна».

Интересно, что в самой Армении фамилии на -ян стали массово закрепляться только в XIX веке, после вхождения Восточной Армении в состав Российской империи. До этого армяне часто обходились без фамилий, используя имя отца или прозвище. Арутюнян — одна из самых частых армянских фамилий, занимающая место в первой десятке по распространённости. Это значит, что предки носителя фамилии не обязательно были священниками или имели отношение к церкви — имя было настолько популярным, что его давали мальчикам в самых разных сословиях: от крестьян до купцов.

С точки зрения ударения, в русском языке фамилию обычно произносят с ударением на последний слог: Арутюня́н. В армянском оригинале ударение падает на предпоследний слог (Арутю́нян), но русская традиция сместила его. Ваш вариант «Арутюунян» — это, скорее всего, ошибка при записи в советских паспортных столах, когда чиновник на слух попытался передать долгий звук «ю» или просто опечатался. Такие искажения встречаются у многих армянских фамилий, особенно у тех, чьи носители жили за пределами Армении.