Фамилия Атлигишиева — редкий случай, когда географическая привязка почти очевиднее, чем корень. Она явно кавказского происхождения, и её носительницы — почти наверняка из Дагестана. Суффикс -ева указывает на русскую грамматическую обработку: исходная мужская форма — Атлигишиев, а женская образована стандартным прибавлением -а. Но сама основа «Атлигиши» в русском языке не имеет значения — это транслитерация местного имени или прозвища.

Скорее всего, в основе лежит тюркское или кумыкское имя Атлыгиши (или близкое к нему). «Атлы» в тюркских языках означает «конный», «всадник», а «гиши» (или «киши») — «человек», «мужчина». Таким образом, Атлыгиши — это «человек на коне», «конный воин» или «всадник». Имя-прозвище мог получить либо лихой наездник, либо человек, чья служба или ремесло были связаны с лошадьми. В кумыкской и ногайской традициях такие составные имена не редкость: они описывали внешность, род занятий или характер человека.

Модель образования фамилии проста: к основе имени Атлигиши добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных, но здесь основа на -и, поэтому -ев). Так из имени отца сделали фамилию для всего рода. В Дагестане, особенно у кумыков и народов, испытавших тюркское влияние, подобные фамилии на -ев и -ов массово фиксировались в XIX–XX веках при оформлении документов.

Других версий, например арабского или персидского корня, практически нет: слово «атлы» — маркер именно тюркской лексики. Если искать аналоги, можно вспомнить кумыкскую фамилию Атлыгишиев — она встречается в республике, хоть и нечастотна. Форма Атлигишиева — скорее всего, вариант записи, где «ы» заменилось на «и» при русификации.

Сословной принадлежности предков по фамилии не определить: «всадник» мог быть и узднем (дворянином), и простым пастухом. Но имя указывает на уважаемое качество — ловкость и связь с конём, что в горской культуре ценилось высоко.