Фамилия Авдонюшкин интересна не столько корнем, сколько тем, как именно её образовали. Она явно восходит к личному имени Авдоня — уменьшительно-ласкательной форме от канонического имени Авдий (в церковном произношении Авдей). Но ключевая деталь здесь — редкий суффикс -юшк- в основе. Он указывает не на стандартное уменьшение, а на внутрисемейное, домашнее прозвище с оттенком нежности: Авдонюшка — так могли называть сына или младшего члена семьи. Финальный суффикс -ин принадлежит к притяжательному типу, то есть Авдонюшкин буквально означает «чей? — сын Авдонюшки».

Имя Авдий (Авдей) древнееврейского происхождения, переводится как «слуга Бога» или «раб Господа». В святцах оно встречается, но широкого распространения в крестьянской среде не получило, поэтому фамилия Авдонюшкин скорее всего возникла в среде, где имя передавали по семейной традиции, а не по святцам. Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, но точных данных о её концентрации нет — она настолько редкая, что не попала в основные сводные списки массовых русских фамилий.

Суффикс -юшк- в русских фамилиях встречается нечасто (сравни: Ванюшкин, Катюшкин), и он почти всегда выдает прозвище, данное в кругу близких, а не официальное имя. Социальный контекст прост: носитель фамилии — вероятно, потомок крестьянина или мещанина, чей предок носил ласковое прозвище Авдонюшка. Никаких дворянских корней или громких исторических личностей за этой фамилией не числится, что для рядовой русской фамилии совершенно нормально.