Фамилия Авдонюшкина — женская форма фамилии Авдонюшкин, и её разговор лучше начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?»: «Авдонюшкин» буквально значило «ребёнок Авдонюшки». Но сам суффикс -ушк- в основе — не фамильный, а уменьшительный, он перешёл в фамилию из прозвища. Такая модель (основа на -а/-я плюс -ин) типична для северных и центральных областей России, где фамилии часто цепляли ласкательные формы имён. В южных или восточных регионах скорее появился бы вариант Авдонюшков или Авдонюшкинский.

В основе фамилии лежит цепочка народных преобразований, уходящая корнями в календарное имя Евдокия (с греческого — «благоволение»). В крестьянской среде его сначала сократили до Авдотья, а затем образовали уменьшительно-ласкательные формы — Авдоня, Авдонюшка. Фамилия Авдонюшкин, соответственно, означает «потомок человека по прозвищу Авдонюшка». Такие переделки церковных имён были обычны: книжное Евдокия звучало слишком чужеродно для деревенского обихода, и его перекроили на свой лад.

Главная особенность фамилии — её редкость. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, носители фамилии Авдонюшкины встречаются в основном в Поволжье (особенно в Самарской и Ульяновской областях) и в некоторых районах Урала. Это наводит на мысль, что фамилия закрепилась в среде старообрядцев или государственных крестьян, которых переселяли в эти края в XVIII–XIX веках. У дворян или духовенства такие «домашние» формы не приживались — там предпочитали фамилии на -ский или книжные варианты.

Иногда фамилию путают с однокоренной Авдонькиной, но разница в суффиксе существенна: -юшк- мягче и ласковее, чем -ьк-, и указывает на более интимное обращение. Встречается и ошибочный вариант написания через «е» — Авденюшкина, но исходное имя Авдотья даёт только «о». Таким образом, фамилия Авдонюшкина — живое свидетельство того, как из церковного имени через народное словотворчество возникло прозвище, а затем и наследственная фамилия, сохранившая тепло уменьшительной формы.