Фамилия Авдотьин — один из тех случаев в русской ономастике, когда родовое имя пошло не от отца, а от матери. В основе лежит женское имя Авдотья, народная форма канонического Евдокия. Суффикс -ин здесь работает по той же модели, что и в фамилиях Марьин или Татьянин: он отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность к конкретному человеку. Авдотьин — значит «сын Авдотьи» или «потомок Авдотьи».

По словообразовательной модели это «полуотчество», или матроним. В крестьянской среде XIX века такие фамилии встречались реже патронимических на -ов/-ев, но были вполне обычны в южнорусских и украинских говорах, где женские имена в быту звучали чаще полных церковных форм. Авдотья — имя простонародное, распространённое: девочек называли так в память о святой Евдокии, но в народе имя упростилось до Авдотьи, а кое-где — до Овдотьи.

Важно не путать Авдотьина с Авдотьевым. Разница принципиальная: Авдотьев образован от мужского имени Авдотий (редкая форма), а Авдотьин — только от женского. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия упоминается как типичный пример матронимической модели на -ин, без дополнительных оговорок. Спорных версий у фамилии немного, и эта путаница — едва ли не единственная.

Факт происхождения от женского имени не означает, что предок был незаконнорождённым. Чаще так закрепляли прозвище по матери, если она была вдовой, одна воспитывала детей или её род оказывался более влиятельным. В документах XVII–XVIII веков крестьяне Авдотьины встречаются, например, в переписных книгах Рязанского уезда — это подтверждает, что фамилия тяготеет к центральным и южным областям России.

Носителей фамилии сегодня немного, она не входит в число массовых, но сохранилась в основном в средней полосе. Авдотьины — это потомки тех, кого в деревне называли по матери: «Авдотьин сын», «Авдотьина дочь». Фамилия не несёт ни сословной окраски, ни указания на ремесло — только семейную историю, где имя женщины стало отправной точкой для рода.