Фамилия Авидон звучит непривычно для русского уха — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это сразу указывает на иноязычное происхождение, и перед нами еврейская фамилия, образованная от библейского имени напрямую, без славянских добавок. Основа восходит к древнееврейскому имени Авидон (אבידן), которое встречается в Танахе, в Книге Чисел. Авидон бен Гидеони — представитель колена Вениамина, один из глав родов, помогавших Моисею при переписи народа. Имя переводится как «мой отец — судья» или «отец суда» (от слов «ав» — отец и «дан» — судья). Таким образом, фамилия Авидон — это патроним: её дали по имени предка, а не по ремеслу или прозвищу.

В Российской империи фамилия бытовала среди еврейского населения в черте оседлости, особенно на территории современных Украины, Беларуси и Молдовы. Встречается она и у сефардских евреев, но в восточноевропейском контексте чаще связана с ашкеназскими общинами. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия фиксируется в таких городах, как Кишинёв, Бердичев, Одесса. Сохранилось и исходное ударение на последний слог — Авидо́н, что тоже выдает её иноязычное происхождение. Если бы фамилия русифицировалась естественным путём, ударение могло бы сместиться на первый или второй слог, как это произошло со многими заимствованными фамилиями. Этого не случилось — возможно, из-за того, что носители держались своих общин и редко смешивались с крестьянским населением.

Встречаются варианты написания: Авидан, Авидонн, но основная форма именно Авидон. Среди известных носителей — израильский поэт и переводчик Шауль Авидон. В целом фамилия остаётся редкой: в России сегодня её носят буквально несколько сотен человек, и почти все они сосредоточены в крупных городах.