Фамилия Автарханов сразу выдаёт нерусское происхождение — это слышно даже без разбора. Её основа восходит к чеченскому или ингушскому составному имени Автархан. Первая часть, «автар», через тюркское посредство связана с арабским «автар» (أوطر) — «стрела» или «меткий стрелок». Вторая часть «-хан» — титул, который на Кавказе и в Средней Азии означал «владыка», «правитель», «князь». Вместе имя Автархан можно перевести как «меткий стрелок» или «князь стрел».

Фамилию образовали по стандартной для региона модели: к имени отца (Автархан) прибавили русский суффикс -ов, который фиксировал патронимическую принадлежность — «сын Автархана». Такая схема была типична для Северного Кавказа, где русская администрация записывала местные имена в официальные документы. Фамилия не могла возникнуть в центральной России: она жёстко привязана к Чечне и Ингушетии, где имя Автархан встречается до сих пор. В дореволюционных списках, например, в «Списке населенных мест Терской области» 1870-х годов, упоминаются чеченские аулы, где жили носители этого родового имени.

Ударение в фамилии — отдельная подсказка. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, где оно падает на окончание, здесь акцент сохраняется на втором слоге: Авта́рханов. Это прямое влияние чеченской основы, которая сопротивляется стандартной русской акцентной модели. В чеченском языке у имени Автархан ударение тоже падает на второй слог.

В XX веке фамилию прославил Абдурахман Автарханов — историк и публицист, родившийся в Чечне. Он одним из первых ввёл в научный оборот термин «большая чистка» для описания сталинских репрессий. Но основная масса носителей — не потомки интеллигенции, а горцы, чьи предки были воинами или скотоводами. Фамилия просто закрепилась за родом по имени основателя, без связи с социальным статусом.