Фамилия Автуева — женская форма, а мужская, Автуев, образована по самой частотной в русском языке модели: от основы с суффиксом -ев. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Автуев, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Автуй.

Корень фамилии — Автуй. Это имя или прозвище, которое, скорее всего, является диалектной или обиходной формой церковного имени Автоном (от греческого «автономос» — «независимый, самозаконный»). В русской народной традиции длинные имена часто сокращали и переделывали до неузнаваемости: Автоном легко мог превратиться в Автуя, а затем и в Автуху, Автушу. Такая трансформация типична для крестьянской среды, где полное имя звучало слишком книжно.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем от диалектного глагола «автуть» или близкого ему по звучанию. В некоторых говорах так могли называть медлительного, неповоротливого человека. Однако эта гипотеза слабее, так как следов такого слова в авторитетных словарях русских говоров почти нет, а имя Автоном в основе встречается у целого ряда фамилий (Автономов, Автухов, Автушков).

Фамилия Автуев встречается редко, и её география тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где имя Автоном было популярнее, чем на севере. Сословно это почти наверняка крестьянская фамилия: в среде дворянства и духовенства имя Автоном практически не использовалось, а в простонародье давали его нечасто, но устойчиво.

Таким образом, предок современных Автуевых был, скорее всего, крестьянином, которого в быту звали Автуем — сокращением от крестильного имени Автоном. Фамилия не несёт никакой дополнительной символики: это просто указание на родство, застывшее в суффиксе.