Фамилия Айгишева, женская форма фамилии Айгишев, напрямую указывает на происхождение от мужского предка по имени или прозвищу Айгиш. Основа почти наверняка тюркская, и здесь стоит разобраться с двумя версиями, одна из которых гораздо убедительнее.

Первая и самая вероятная: в основе лежит тюркское имя Айгыш. В тюркских языках «ай» означает «луна», а «гыш» — «зима». Сложносоставное имя Айгыш («лунная зима») могли дать ребенку, родившемуся в зимнюю ночь при луне, — распространённый тип именования по обстоятельствам рождения. Менее вероятна версия от слова «айгыр» (жеребец), преобразованного в «Айгиш» через диалектное смягчение: такое прозвище могло указывать на силу или норовистый характер, но фонетический переход «р» в «ш» в тюркских языках встречается реже, чем кажется.

Фамилию образовали по русской модели с суффиксом -ев. После шипящего и мягкого согласного пишется -ев, а не -ов, поэтому к основе Айгиш присоединили именно этот патронимический суффикс. Фамилия Айгишев стала означать «потомок Айгиша». Суффикс -ин здесь был бы невозможен, так как основа не оканчивается на -а/-я. Форма Айгишева — стандартное изменение по родам.

Географически фамилия Айгишевы встречается в Поволжье и на Урале, особенно среди татар и башкир, что подтверждает её тюркские корни. Встречаются варианты написания через «ы» (Айгышев) — это более точная передача исходного тюркского звука, но в русской паспортной системе закрепился вариант с «и» как более привычный для русского уха. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Айгишев стоит в одном ряду с Айгушев, Айгильдин, Айгильдеев — все они восходят к именам, начинающимся с «ай-». Луна в тюркской ономастике — частый компонент имён, означающий красоту, свет или время, и эта фамилия — одно из напоминаний о той традиции.