Фамилия Айгишев — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней отчётливо слышен тюркский или финно-угорский след, и это главная особенность, которая отличает её от тысяч фамилий на -ов, образованных от славянских имён и прозвищ.

Основа фамилии — «Айгиш». Скорее всего, это вариант тюркского имени Айгиз или Айгиш, где «ай» — «луна», а вторая часть восходит к слову со значением «лицо», «облик» или «след». Таким образом, имя могло означать «луноликий» или «подобный луне» — распространённый у тюркских народов комплиментарный образ. В татарском, башкирском и чувашском языках много имён с первым компонентом «ай» (Айдар, Айнур, Айсылу), и фамилия Айгишев органично вписывается в этот ряд.

Менее вероятна, но возможна связь с мордовским (эрзянским или мокшанским) словом «айгиш» — так в некоторых диалектах называли жеребёнка. В этом случае фамилия могла произойти от прозвища, данного человеку за резвость или молодость. Однако тюркская версия выглядит убедительнее, учитывая ареал распространения фамилии.

Суффикс -ев (а не -ов) в фамилии Айгишев — не случайность. В русской ономастике суффикс -ев присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный, шипящий или «й». Фамилия образована по стандартной модели «имя отца + суффикс принадлежности», то есть Айгишев буквально означает «сын Айгиша». Это типичный для XVI–XVII веков способ русификации нерусских имён: при крещении или переписи тюркское имя оформляли по русскому образцу.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу. Чаще всего Айгишевы встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были татарами или башкирами, перешедшими в православие, либо чувашами. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — её носители происходили из крестьянской или мещанской среды.

Среди однокоренных фамилий можно назвать Айгизов, Айгишевский и просто Айгиш. Все они редки и несут ту же семантику, связанную с лунным именем-оберегом.