Фамилия Агишев восходит к древнетюркско-татарскому мужскому имени Агиш. Его значение — «товарищ (друг, ровня) с чистой душой». Родители, давая такое имя сыну, желали ему стать верным и преданным другом, человеком, на которого можно положиться.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: к основе Агиш- прибавлен русский патронимический суффикс -ев. Такой суффикс появляется после основ, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае он указывает на принадлежность: Агишев буквально означает «сын Агиша». Это типичная модель для фамилий, возникших в среде крещёных татар и других тюркских народов, вошедших в состав Российского государства. При крещении имя Агиш нередко становилось основой для фамилии, закрепляясь в документах.

Географически фамилия Агишев наиболее распространена в Поволжье, особенно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Самарской областях. Встречается она и у мордвы, что объясняется давними культурными контактами тюркских и финно-угорских народов региона. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди государственных крестьян и мещан — сословий, где было много выходцев из татарских и башкирских родов.

Интересно, что имя Агиш встречается и в осетинском именослове, но там оно имеет другую этимологию, связанную с иранскими корнями. Однако для фамилии Агишев тюркское происхождение остаётся основным и подтверждается массовостью бытования именно в тюркоязычной среде.