Фамилия Агишин — яркий пример того, как прозвище, данное в быту, закрепилось в роду и превратилось в наследственное имя. Её основа — личное имя или прозвище Агиш, которое, скорее всего, имеет тюркское происхождение. В тюркских языках корень «аг» означает «белый», «чистый», «светлый», а аффикс «-ыш» образует уменьшительно-ласкательную форму. Таким образом, Агиш — это «беленький», «светленький», ласковое прозвание для человека со светлыми волосами или кожей, либо имя-пожелание счастья и чистоты.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Агишин буквально значит «сын Агиша» или «из рода Агиша». Это типичная русская патронимическая модель, которая активно формировалась в XV–XVII веках. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ев», которые чаще образовывались от прозвищ с твёрдой основой, «-ин» присоединялся к основам на -а, -я и к мягким согласным. В случае Агишина основа на -ш как раз и обусловила выбор суффикса.

Интересно, что у фамилии есть редкий вариант — Агишев. Разница в суффиксе могла возникнуть из-за местных говоров или ошибок писцов: в одних регионах «Агиш» воспринимали как имя на твёрдый согласный, в других — как на мягкий. Обе формы встречаются в документах, но Агишин географически более привязан к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим землям Рязанского и Тамбовского наместничеств, где оседали служилые люди из татарских и мордовских родов.

Версия о происхождении от русского слова «ага» или «агашка» (уменьшительное от Агафья) маловероятна: фамилии от женских имён через суффикс «-ин» обычно давались по матери (например, Марьин, Татьянин), но Агафья дала бы форму Агашин, а не Агишин. Разница в гласной «и» вместо «а» указывает именно на тюркский корень.

Носители фамилии Агишин, как правило, потомки крестьян или однодворцев — государственных крестьян, нёсших сторожевую службу на южных границах России. В переписных книгах XVII–XVIII веков Агишины числятся среди пашенных солдат и рейтаров, что подтверждает их происхождение из служилых слоёв, не успевших закрепиться в дворянстве.