Фамилия Агишева образована от древнетюркско-татарского мужского имени Агиш, которое переводится как «товарищ (друг, ровня) с чистой душой». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать верным и преданным другом. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Агишевых можно лишь на основании генеалогических исследований.