Фамилия Агишева — типичная русская фамилия на -ев, образованная от отчества или прозвища предка. В её основе лежит мужское личное имя Агиш, которое имеет древнетюркско-татарские корни. Согласно наиболее распространённой версии, имя Агиш переводится как «товарищ (друг, ровня) с чистой душой». Родители, называя так сына, желали ему стать верным и преданным человеком, на которого можно положиться.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Агиш- добавился притяжательный суффикс -ев-, который в русском языке указывал на принадлежность («чей?» — сын Агиша). Окончание -а — стандартное женское окончание в склоняемых фамилиях, то есть Агишева — это «жена или дочь Агишева».

Интересно, что фамилия Агишев (и её женская форма) — не единственная в этом гнезде. Однокоренными и образованными по той же модели являются фамилии Агишев, Агишин, Агишевский. Разница в суффиксах (-ин, -ский) может указывать на разные ветви рода или региональные особенности оформления фамилий в XVI–XVII веках, когда процесс их становления был особенно активен.

Точное место и время возникновения рода Агишевых — вопрос, требующий отдельных генеалогических изысканий. Однако, судя по тюркской основе, предки носителей фамилии могли быть выходцами из татарской или башкирской среды, причём имя Агиш встречается и у крещёных татар. В русских документах фамилия фиксируется с XVII века, преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически тесно переплетались славянские и тюркские культуры.