Фамилия Абишева — женская форма фамилии Абишев, и разбирать её историю нужно через мужской вариант. В основе фамилии лежит мужское имя Абиш, которое в тюркской традиции образовано от слова «аба» — «дядя по отцу» — с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ш. Такая модель типична для тюркских имён: суффикс придаёт имени ласковый, семейный оттенок. Имя Абиш, скорее всего, было домашним, внутриродовым прозвищем для младшего родственника, которого называли «дядюшка» или «дядька». Фамилия Абишев, таким образом, буквально означает «потомок Абиша».

Менее вероятна связь с турецким словом «абис» — «морская бездна, пучина». Эта версия не находит убедительного подтверждения в ономастике: фамилии, образованные от абстрактных понятий, в тюркской среде встречаются реже, чем от родственных прозвищ. Кроме того, имя Абиш широко распространено у казахов, башкир и татар, где значение «дядя» хорошо известно. Географически фамилия Абишева чаще встречается в Поволжье, на Урале и в Казахстане — в регионах, где исторически сильны тюркские языки и обычаи.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Абиш добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Это указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде — при переписях или записях в метрических книгах. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Абишевых можно лишь на основании генеалогических исследований, но сама фамилия — яркий пример того, как тюркское родовое прозвище вплелось в русскую фамильную систему.