Фамилия Айкулов — редкий пример тюркской модели образования, где в основе лежит не имя или прозвище, а слово, заимствованное из арабского через тюркские языки. Корень — «айкул» (или «айгүл»), что в переводе с тюркских наречий означает «лунный цветок» или «луноликая». Встречается такая основа в именах и прозвищах у казахов, киргизов, башкир и татар, где «ай» — луна, а «кул» — раб, слуга (в переносном смысле — «преданный луне»). Однако в фамилии Айкулов, скорее всего, первая часть — «ай» (луна), а вторая восходит к тюркскому «гүл» (цветок), что даёт значение «лунный цветок» — поэтичное прозвище для светловолосого или светлокожего человека, либо для обладателя красивой, нежной внешности.

Модель образования фамилии проста: к основе «Айкул» добавили русский патронимический суффикс «-ов», что типично для фамилий тюркских народов, попавших под влияние Российской империи. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность («чей?»), то есть Айкулов — «сын Айкула». Встречается также вариант без суффикса — Айкул, но он гораздо реже.

Географически фамилия Айкулов привязана к регионам, где компактно живут тюркские народы: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области, а также Казахстан. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века она почти не фиксируется — это говорит о том, что фамилия либо поздняя (окончательно закрепилась в советское время при паспортизации), либо была локальной, не выходившей за пределы одного аула или деревни.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Айкулов стоит в одном ряду с Айгуловым (от «айгүл» — луна и цветок) и Айкулиным (с суффиксом «-ин», характерным для русских фамилий от основ на «-а»). Но Айкулов — самый частотный вариант, хотя в целом фамилия остаётся редкой: по данным современных телефонных справочников, носителей не более нескольких сотен на всю Россию.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не даёт подсказок — ни княжеского суффикса, ни указания на профессию. Можно предположить, что основатель рода был рядовым крестьянином или скотоводом, а прозвище «Айкул» закрепилось за ним по внешней примете. Спорных версий происхождения практически нет — арабско-тюркская этимология прозрачна, и попытки связать фамилию с русским словом «ай» (междометие) или «кулак» выглядят натянутыми.