Фамилия Айнуллина — женская форма мужской фамилии Айнуллин, а та, в свою очередь, образована от арабского имени Айнулла. В основе лежит сложение двух корней: «айн» (глаз, око) и «Аллах» (Бог). Имя Айнулла переводится как «око Аллаха» или «божий глаз» — это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога, распространённое у народов, исповедующих ислам. В мусульманской традиции такие имена давали, чтобы подчеркнуть божественную защиту и всевидение.

Фамилия Айнуллина (и Айнуллин) типична для татар и башкир, а также встречается среди других тюркских народов России. Модель образования проста: к основе имени Айнулла добавили русский патронимический суффикс -ин, который в тюркских фамилиях закрепился в XIX–XX веках при русификации документов. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «сын Айнуллы» или «из рода Айнуллы». Фамилия не имеет отношения к географическим названиям или ремёслам — её корень исключительно лично-именной.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у русских, суффикс -ин в тюркских фамилиях часто присоединяли к именам, оканчивающимся на гласную или мягкий согласный. Поэтому Айнуллин, наряду с фамилиями вроде Ахметшин или Хабибуллин, стоит в одном ряду с типично татарскими фамилиями на -ин, а не на -ов. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Айнулли́на, хотя в бытовой речи возможны варианты.

Сословная принадлежность предков Айнуллиных не зафиксирована в общем правиле: носители фамилии могли быть и крестьянами, и купцами, и духовными лицами. Поскольку имя Айнулла было распространено в среде мулл и образованных мусульман, нельзя исключать, что предок носителя фамилии имел отношение к исламскому образованию или был имамом. Но в равной степени это мог быть и простой земледелец — имя не давало социальной привилегии.

В целом фамилия Айнуллина несёт в себе ясную религиозную символику и вписывается в обширный пласт татаро-башкирских фамилий, образованных от арабо-мусульманских имён. Её носительницы сегодня живут преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах Урала и Поволжья.