Фамилия Айнуллина — женская форма мужской фамилии Айнуллин. Чтобы понять её происхождение, разберём словообразовательную цепочку. В основе лежит арабское имя Айнулла, которое сложено из двух корней: «айн» (глаз, око) и «Аллах» (Бог). Переводится оно как «око Аллаха» или «божий глаз». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога, — такие имена в мусульманской традиции давали, чтобы подчеркнуть божественную защиту и всевидение.

К основе имени Айнулла добавили русский патронимический суффикс -ин. В тюркских фамилиях этот суффикс закрепился в XIX–XX веках, когда при русификации документов имена и прозвища переоформляли по русской модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Айнуллы» или «из рода Айнуллы». Интересно, что в тюркских фамилиях суффикс -ин присоединяли к именам, оканчивающимся на гласную или мягкий согласный, — в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у русских. Поэтому Айнуллин стоит в одном ряду с типично татарскими фамилиями вроде Ахметшин или Хабибуллин.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Айнулли́на, хотя в бытовой речи возможны варианты. Фамилия не имеет отношения к географическим названиям или ремёслам — её корень исключительно лично-именной. Она типична для татар и башкир, а также встречается среди других тюркских народов России. Носительницы сегодня живут преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах Урала и Поволжья.

Сословная принадлежность предков Айнуллиных не зафиксирована в общем правиле. Поскольку имя Айнулла было распространено в среде мулл и образованных мусульман, нельзя исключать, что предок имел отношение к исламскому образованию или был имамом. Но в равной степени это мог быть и простой земледелец — имя не давало социальной привилегии. В целом фамилия несёт ясную религиозную символику и вписывается в обширный пласт татаро-башкирских фамилий, образованных от арабо-мусульманских имён.