Фамилия Айпахунова — редкий случай, когда основа фамилии почти наверняка не славянская, а тюркско-мусульманская, и при этом фамилия оформлена по русской модели. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово по частям, причём начать стоит с суффикса, а не с корня.

Суффикс -ова указывает на принадлежность: это женская форма от мужской фамилии Айпахунов (или, реже, вариант записи, где -ова стоит в именительном падеже для женщины). Мужская фамилия Айпахунов образована по типичной русской модели: к основе Айпахун- добавили притяжательный суффикс -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был известен под личным именем или прозвищем Айпахун, а его потомков называли «чей?» — Айпахуновы.

Сама основа Айпахун — составное имя. Первая часть «Ай» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «луна». Вторая часть «пахун» — менее прозрачна. Вероятнее всего, это искажённое или диалектное произношение арабского имени «Фахрун» (или «Фахруддин») — «гордость веры». В тюркских языках звук «ф» часто заменялся на «п», а безударные гласные редуцировались. Таким образом, Айпахун — это «Лунная гордость» или «Луна веры», красивое составное имя, типичное для мусульманских народов Поволжья и Приуралья.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем «Айюб» (библейский Иов), которое в тюркской среде могло звучать как Айуп, а затем, через переосмысление, превратиться в Айпахун. Однако фонетически этот переход сложнее, чем просто замена «ф» на «п».

Географически фамилия Айпахунова почти наверняка привязана к регионам проживания татар, башкир или, возможно, казахов — это Башкортостан, Татарстан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном бытовании: предок был известен в пределах одного села или волости.

Социально фамилия не несёт указания на дворянство или духовенство. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а фамилию получили в XIX веке при переписях населения, когда тюркские имена и прозвища записывали на русский лад. Интересно, что фамилия сохранила архаичное произношение: в современном татарском языке имя скорее выглядело бы как Айфахрун, но письменная фиксация закрепила устный, «опрощённый» вариант.