В основе фамилии Айтахунов лежит компонент Ай и мусульманское мужское имя Тахир. Тюркское «ай» в переводе на русский язык означает "луна", а в сочетании с мужским именем — "счастье". Имя Тахир переводится с арабского как "чистый". При образовании фамилии произошло усечение конечного элемента имени (-ир).