Фамилия Айтакунов — один из тех случаев, когда тюркское происхождение читается сразу и почти не оставляет пространства для споров. Её основа — личное имя Айтакун, сложенное из двух корней: «ай» (луна) и «такун» — диалектного варианта слова «таған» (опора, подставка, а в переносном смысле — надежда). Вместе получается «лунная опора» или «тот, на кого можно положиться, как на луну». Это типичный для тюркской ономастики образ: луна здесь символ красоты, света и постоянства, а имя — поэтическое пожелание ребёнку стать надёжным человеком.

Русский суффикс -ов оформил фамилию по стандартной для Российской империи модели. Айтакунов буквально значит «сын (или потомок) Айтакуна». Без суффикса фамилия звучала бы как Айтакун — такая форма до сих пор встречается у киргизов и казахов, но в русскоязычной среде закрепился вариант на -ов. Именно суффикс, а не корень, выдает, что фамилия прошла через российское делопроизводство: тюркские имена записывали в метрики и ревизские сказки, добавляя привычное окончание.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и северу Кыргызстана. Там распространены диалекты, заменяющие звук «ғ» на «к»: отсюда «такун» вместо литературного «таған». Встречается Айтакунов нечасто, что указывает на локальный характер — скорее всего, фамилия пошла из одного родового ответвления или небольшого аула. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, эта не имеет христианских корней и полностью сохраняет доисламскую тюркскую семантику.

Спорных версий у фамилии практически нет. Разбор прозрачен: попытки связать вторую часть с монгольским «тах» (подкова) или арабским «такин» (сильный) выглядят натянутыми. Тюркская основа с «таған/такун» подтверждается и структурой имени, и живыми диалектами. Предки носителя фамилии, вероятно, были скотоводами или воинами, а имя дали ребёнку с пожеланием, чтобы он стал надёжной опорой семьи — как луна служит опорой ночному небу.