Фамилия Айтакунов — яркий пример тюркского происхождения, который почти наверняка ведет к казахским или киргизским корням. Основа фамилии — личное имя Айтакун, которое состоит из двух частей: «ай» (луна) и «такун» (диалектный вариант слова «таған» — опора, подставка, а в переносном смысле — надежда, опора). Таким образом, имя Айтакун можно перевести как «лунная опора» или «подобный луне, на которого можно положиться». Это сложное имя с поэтическим оттенком, типичное для тюркской ономастики, где луна символизирует красоту, свет и постоянство.

Русский суффикс -ов, добавленный к основе, оформляет фамилию по стандартной модели, принятой в Российской империи для фиксации нерусских фамилий в документах. Айтакунов буквально означает «сын (или потомок) Айтакуна». Без суффикса фамилия звучала бы как Айтакун — такая форма до сих пор встречается у киргизов и казахов, но в русскоязычной среде закрепился именно вариант на -ов.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и северу Кыргызстана, где распространены диалекты, заменяющие «ғ» на «к». Встречается она нечасто, что говорит о её локальном характере: скорее всего, она происходит из одного родового ответвления или небольшого аула. В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имен, Айтакунов не имеет христианских корней и полностью сохраняет доисламскую тюркскую семантику.

Спорных версий у фамилии практически нет: разбор прозрачен, а попытки связать вторую часть с монгольским «тах» (подкова) или арабским «такин» (сильный) выглядят натянутыми — тюркская основа с «таған/такун» подтверждается и структурой имени, и живыми диалектами. Предки носителя фамилии, вероятно, были скотоводами или воинами, и имя дали ребенку с пожеланием, чтобы он стал надежной опорой семьи, как луна — опорой ночного неба.