Фамилия Айткунова — памятник восточной культуры, и ее разбор стоит начать с самого имени, от которого она образована. Имя Айткун — составное, тюркское по происхождению. Первая часть, «айт», скорее всего, восходит к арабскому слову, которым мусульмане обозначают религиозный праздник (например, Ураза-байрам или Курбан-байрам). Вторая часть — «кун» — древнетюркское слово, означающее «солнце». Таким образом, имя Айткун в буквальном смысле переводится как «рожденный в праздник Солнца» или «праздничное солнце».

Такое имя могли дать по двум причинам. Либо оно было связано со временем рождения мальчика — солнечным днем, совпавшим с праздником. Либо имя содержало пожелание родителей: чтобы жизнь сына всегда была освещена солнцем, то есть была благополучной и счастливой. В любом случае, имя несло яркую положительную символику.

Словообразовательная модель здесь простая и распространенная среди тюркских народов: к личному имени Айткун добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а). В результате потомок человека по имени Айткун получил фамилию Айткунов, а его дочь или жена — Айткунова. Такая модель типична для фамилий, которые возникали в XIX–XX веках при контактах тюркского и русского населения, особенно на Урале, в Поволжье или в Средней Азии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, встречаются варианты Айткулов (где вторая часть — «кул», «раб божий») или Айтбаев (с компонентом «бай», «господин»). Но именно Айткунова выделяется редким сочетанием «праздник» и «солнце», что делает ее этимологию особенно поэтичной. Спорных версий по этой фамилии нет: разбор прозрачный, а тюркская основа надежно подтверждается словарями личных имен.