Фамилия Айткенов — редкий пример, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Носители фамилии почти всегда указывают на тюркские корни, чаще всего на Казахстан или Башкортостан. Основа фамилии — мужское имя Айткен (Айткен, Айткен). В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, имя образовано от слов «айт» (говорить, произносить) и уменьшительно-ласкательного суффикса «-кен». Буквально Айткен — «сказанный», «произнесённый», то есть ребёнок, о рождении которого объявили или которому дали имя по обету.

Русский суффикс -ов указывает на модель образования фамилий от отчества: Айткенов — сын Айткена. Такая схема характерна для русификации тюркских имён в XIX–XX веках, когда при переписях и в документах к основе добавляли стандартное русское окончание. В самой тюркской среде фамилия могла бы звучать как Айткенулы (на казахский манер) или вовсе не иметь фамильного суффикса.

Интересно, что в отличие от многих фамилий на -ов, которые встречаются повсеместно, Айткенов имеет чёткую региональную привязку. В базах данных и телефонных справочниках основная масса носителей сосредоточена в Западном Казахстане и в некоторых районах Оренбургской области России. За пределами этих мест фамилия встречается крайне редко, что говорит о её локальном бытовании и вероятном происхождении из одного рода или аула. Версия о том, что основа — арабское имя Айткен (вариант Айдын, «светлый») менее правдоподобна: фонетика указывает на тюркский глагол, а не на арабский корень. Так что предки современного Айткенова, скорее всего, были казахами или башкирами, жившими в степных районах, и фамилию получили по имени своего отца или деда.