Фамилия Айткенов — один из тех редких случаев, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Основная масса носителей сосредоточена в Западном Казахстане и в некоторых районах Оренбургской области России. За пределами этих мест фамилия встречается крайне редко, что указывает на её локальное бытование и вероятное происхождение из одного рода или аула.

Основа фамилии — мужское имя Айткен. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, оно образовано от слова «айт» (говорить, произносить) и уменьшительно-ласкательного суффикса «-кен». Буквально Айткен — «сказанный», «произнесённый». Так могли назвать ребёнка, о рождении которого объявили или которому дали имя по обету.

Русский суффикс -ов указывает на модель образования фамилий от отчества: Айткенов — сын Айткена. Такая схема характерна для русификации тюркских имён в XIX–XX веках, когда при переписях и в документах к основе добавляли стандартное русское окончание. В самой тюркской среде фамилия могла бы звучать как Айткенулы (на казахский манер) или вовсе не иметь фамильного суффикса.

Существует версия, что основа — арабское имя Айткен (вариант Айдын, «светлый»), но она менее правдоподобна: фонетика и суффикс указывают на тюркский глагол, а не на арабский корень. Таким образом, предки современного Айткенова, скорее всего, были казахами или башкирами, жившими в степных районах, и фамилию получили по имени отца или деда. Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна, но именно узкая география бытования делает эту фамилию уникальной — она не размазана по карте, а привязана к конкретному региону.