Фамилия Аткенов — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, и приходится выбирать между тюркским прозвищем и русским суффиксом. Разберёмся по порядку.

Словообразовательная модель стандартна: корень «Аткен» плюс русский патронимический суффикс -ов, который в фамилиях закрепился за потомками мужчины. Вопрос упирается в то, что такое «Аткен». В тюркских языках, особенно казахском и татарском, «ат» — это «лошадь», «конь». «Аткен» может быть вариантом прозвища «Аткан» или «Аткен», где «-кен» — уменьшительно-ласкательный аффикс. Тогда исходное прозвище означало бы «конёк» или «лошадка» — так могли назвать человека за резвость, любовь к лошадям или за то, что он пас табуны. В пользу этой версии говорит география: фамилия Аткенов встречается у казахов и башкир, где коневодство было основой хозяйства.

Есть и вторая, менее очевидная версия. «Аткен» может быть искажённым вариантом имени «Аткей» или «Аткен» — в тюркской ономастике имена с корнем «ат» («имя, слава») тоже встречаются. В таком случае фамилия восходит напрямую к личному имени, а не к прозвищу по занятию.

Сложность в том, что фамилия не попала в основные словари русских фамилий — Унбегауна, Никонова, Веселовского. Это косвенно указывает на её позднее оформление и региональный характер. Скорее всего, Аткеновы — потомки тюркского населения, получившие фамилию в XIX — начале XX века при переписях или переходе на оседлость. Суффикс -ов здесь чисто русский, наложенный на местную основу по административной модели.

Если отталкиваться от правдоподобия, версия с прозвищем «лошадка» выглядит естественнее: в крестьянской среде прозвища по животным были обычны, а имя «Аткен» без дополнительных источников подтвердить сложно. Так что предок Аткеновых, скорее всего, был каким-то образом связан с лошадьми — пас их, объезжал или просто отличался статью и быстротой.