Фамилия Айтукенова — наглядный пример того, как тюркское имя стало родовым прозвищем, а затем закрепилось в качестве фамилии. Её основа — мужское имя Айтукен, которое в тюркской традиции складывается из двух корней: «ай» (месяц, луна) и «тукен» (конец, завершение). Вместе имя осмыслялось как «полнолуние» или «конец месяца» — время, которое в кочевой культуре символизировало полноту силы и завершение очередного цикла. Такое имя могли дать ребёнку, родившемуся в полнолуние или в последние дни лунного месяца, что считалось добрым знаком.

Суффикс «-ова» в фамилии — типичный для русской паспортной традиции показатель принадлежности к роду. Айтукенова буквально означает «дочь (или потомок) Айтукена». Мужской вариант фамилии — Айтукенов. Такая модель закрепилась у многих народов бывшей Российской империи в XIX–XX веках, когда вводилась всеобщая паспортизация и оседлый образ жизни вытеснял кочевой.

Фамилия сохранила прозрачную внутреннюю форму: исходное имя Айтукен до сих пор бытует в тюркской антропонимии, особенно среди казахов. Это отличает её от многих других фамилий, где корень со временем затемнился или вышел из обихода. Встречаются варианты написания с одной «н» — Айтукенова, что связано с адаптацией к русской орфографии, хотя в казахском языке исходное имя пишется через «к» и «н»: Айтүкен.

Искать корни фамилии стоит в южных и западных регионах Казахстана — именно там традиция имён с элементом «ай» особенно сильна. Составные имена вроде Айбек, Айгуль, Айжан здесь встречаются часто, и Айтукен — часть этого ряда. Предки носителей фамилии, скорее всего, были кочевниками-скотоводами, а имя, данное при рождении, отражало не только время появления ребёнка на свет, но и надежды на его силу и благополучие, связанные с полной луной.