Фамилия Айтуканова — женская форма от Айтуканов, и её происхождение уходит корнями в тюркскую ономастику. В основе лежит мужское личное имя Айтукан (или Айтуган), которое складывается из двух корней: «ай» — «луна» (символ красоты, света, божественного начала) и «тукан» или «туган» — «рождённый» (от глагола «туу» — родиться). Получается, имя Айтукан переводится как «рождённый луной», «лунный ребёнок» или «светлый, как луна». В доисламскую эпоху такие имена давали в надежде на покровительство небесных светил; позже они сохранились как традиционные, утратив языческий подтекст.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе имени Айтукан добавили патронимический суффикс -ов (в мужском роде), а затем — окончание -а, указывающее на женский пол носительницы. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но здесь он присоединён к нерусскому корню — такая схема характерна для фамилий народов, долгое время живших в составе Российской империи и использовавших русскую форму записи. В башкирской и татарской среде фамилии на -ов/-ев стали массово закрепляться в XIX — начале XX века, при переписях и паспортизации.

В самой тюркской среде имя Айтуган встречается в вариантах Айтуған, Айтоган, а в некоторых диалектах — как Айтукан. Разница в окончании (-ган vs -кан) связана с фонетическими особенностями разных тюркских языков: в казахском и башкирском чаще звучит «ган», в татарском — «кан». В русской записи эти формы иногда смешивались, поэтому фамилия Айтуканова может соседствовать с Айтугановой у родственников, разошедшихся по разным волостям.

Географически фамилия чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахского населения в приграничных районах. Предки человека с такой фамилией, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, носившими родовое имя, которое со временем закрепилось как фамильное. Сословно они могли относиться к башкирским или татарским тептярям, государственным крестьянам или казакам — точных данных по сословию нет, но фамилия не несёт дворянских или княжеских суффиксов (вроде -ский), что указывает на происхождение из непривилегированных слоёв.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков похожих: в ней сохранилась архаичная форма с «к» вместо «г» (Айтукан, а не Айтуган). Это может указывать на татарский диалектный вариант имени, где оглушение согласного на конце слова — обычное явление. Если бы предок был записан как Айтуганов, фамилия звучала бы иначе и, возможно, тяготела к казахской или башкирской среде. В данном случае «к» — маленькая лингвистическая подсказка, по которой можно предположить, что корни семьи — в татарских деревнях Западного Башкортостана или в татарских слободах Оренбуржья.