Фамилия Айтуганова образована от тюркского имени Айтуган. Оно имеет сложную структуру и восходит к двум основам: Ай и Туган. В древнетюркском языке слово «ай» означает «месяц». Входя в состав имен компонент «ай» имел следующие переносные значения: «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный» и др. Вторая часть имени Айтуган – Туган – означает «родственник, родной». Таким образом, полный перевод имени Айтуган звучит как «взошла луна»; в переносном значении: «родился ребенок (мальчик) красивый, как месяц». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Айтугановых можно лишь на основании генеалогических исследований.