Фамилия Айтуганов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Айтуганов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Айтуганов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Айтуганов образована от тюркского имени Айтуган. Оно имеет сложную структуру и восходит к двум основам: Ай и Туган. Вторая часть – Туган – означает «родственник, родной». Таким образом, полный перевод имени Айтуган звучит как «взошла луна»; в переносном значении: «родился ребенок (мальчик) красивый, как месяц». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Айтуганов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Айтуганов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.