Фамилия Айтыканова — женская форма мужской фамилии Айтыканов, и её происхождение уходит корнями в тюркскую культуру Центральной Азии. Чаще всего она встречается у казахов, киргизов и башкир. В основе лежит личное имя Айтыкан, которое ономасты разбирают по-разному. Первая версия: имя сложено из двух корней — «ай» (луна, месяц) и «тыкан» (в разных диалектах — «установленный», «рожденный»). Тогда Айтыкан — «лунорожденный» или «рожденный в новолуние». Вторая версия производит второй корень от глагола «айту» — «говорить», «сказать». В этом случае имя означает «сказанный», «названный», то есть ребенок, которому имя дали по обету или после обращения к высшим силам. В казахской антропонимии имена с компонентом «ай» были популярны: они символизировали красоту, чистоту и связь с небесным светилом. Такое имя часто давали детям, родившимся в ясную лунную ночь.

Фамилию образовали по стандартной для тюркских народов модели: к основе Айтыкан прибавили русский патронимический суффикс -ов/-ова. Он закрепился в XIX–XX веках, когда кочевое население переходило на оседлый образ жизни, и имперская бюрократическая система требовала русификации документов. Это типичная история для многих фамилий Казахстана и Средней Азии: исконное личное имя или прозвище обрастало русским окончанием. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, вспоминаются Айтбаев (от имени Айтбай, где «бай» — богатый, хозяин) или Айткулов (от Айткул, где «кул» — раб божий). Айтыканов стоит особняком: основа «тыкан» встречается реже, чем «бай» или «кул», что делает фамилию менее распространенной, но более специфичной.

Географически фамилия Айтыканова (и Айтыканов) чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди киргизов. В России носители живут в Оренбургской, Астраханской областях и в Татарстане — туда тюркские народы переселялись в ходе миграций. Социальный контекст: предки современных Айтыкановых были, скорее всего, скотоводами или земледельцами. Если принимать версию от «айту» — говорить, то имя Айтыкан могло принадлежать человеку, известному красноречием. В любом случае, фамилия несет отпечаток кочевой культуры, где имя было не просто меткой, а заклинанием или пожеланием судьбы.