Фамилия Айтахуновы — один из тех случаев, когда восточное имя легло в основу русской фамилии, пройдя через словообразовательные фильмы нескольких языков. Разбирать её лучше всего с конца: типичный русский суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а корень уходит в тюркскую и арабскую традицию.

Основа фамилии — составное имя Айтахун. Первая часть, «ай», в тюркских языках означает «луна». В именах этот корень часто нёс пожелательную символику: луна ассоциировалась с красотой, светом и, в переносном смысле, со счастьем. Вторая часть восходит к арабскому имени Тахир (чистый, непорочный). При сращении двух компонентов произошло естественное усечение: конечный слог имени Тахир (-ир) отпал, и получилось компактное Айтахун. Таким образом, полное значение имени родоначальника — «чистый, как луна» или «счастливый и чистый».

Исторически фамилия уходит корнями в XV–XVII века, когда служилые люди тюркского происхождения — выходцы из Золотой Орды, от печенегов или половцев — пополняли ряды русского дворянства. Многие нерусские по происхождению дворяне сохраняли в основе фамилии родовое или личное имя предка, что и зафиксировано в случае Айтахуновых. Сведения о восточном происхождении здесь точны: они подтверждаются самим составом имени, в котором легко опознаются тюркский и арабский элементы.

Сама фамилия — памятник не только восточной письменности, но и живого языкового контакта: тюркское «ай» соединилось с арабским «Тахир», а русский суффикс -ов превратил имя в фамилию, которая закрепилась за родом. Встретить её можно преимущественно в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением, хотя точная география бытования пока остаётся предметом локальных генеалогических изысканий.