Фамилия Аюбова образована от древнетюркского имени Аюб, которое в буквальном переводе означает «князь сильный, как медведь». Смысл имени указывает на то, что родители, называя так сына, желали ему вырасти храбрым и отважным человеком — медведь у тюркских народов почитался как символ силы и власти. Саму фамилию построили по самой распространённой в русском языке модели: к основе Аюб добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Такая схема типична для фамилий, возникших в среде, где русская письменная традиция смешивалась с тюркскими личными именами.

При этом имя Аюб не стоит путать с библейским Иовом (в арабской передаче — Айюб), хотя звучание отчасти схоже. Тюркский Аюб — самостоятельное имя с собственной семантикой, и именно оно легло в основу фамилии. Процесс закрепления фамилий у разных народов шёл неравномерно, поэтому окончательно определить, в каком именно регионе и в какое время впервые появились Аюбовы, можно только после глубоких генеалогических изысканий. Чаще всего такие фамилии встречаются у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, где тюркские имена органично вошли в русскую фамильную систему.