Фамилия Аюбов образована от личного имени Аюб, которое имеет древнетюркские корни. Имя Аюб переводится как «князь, сильный как медведь». В древности родители, давая сыну такое имя, желали ему вырасти храбрым, отважным и сильным духом человеком. Медведь в тюркской традиции — символ мощи и несокрушимости, поэтому имя несло пожелание стать защитником своего рода.

С точки зрения словообразования фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Аюб добавили суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность («чей?» — сын Аюба). Такой способ формирования фамилий характерен для многих народов, оказавшихся в зоне культурного и языкового влияния России, в том числе для тюркских этносов. Поэтому Аюбовы — это потомки человека по имени Аюб.

Интересно, что имя Аюб встречается не только у тюрков. Оно является вариантом библейского имени Иов (Job), которое через арабское посредство (Айюб) распространилось среди мусульманских народов. Однако в случае фамилии Аюбов наиболее вероятна именно тюркская этимология, так как суффикс -ов типичен для фамилий, возникших в среде татар, башкир, казахов и других тюркоязычных групп, проживающих на территории бывшей Российской империи. Географически фамилия чаще всего встречается в регионах Поволжья, на Северном Кавказе и в Средней Азии — там, где сильны тюркские языковые традиции.