Фамилия Аюпова — звонкий памятник мусульманской культуры, и ее история уходит корнями в доисламскую древность. В основе лежит мужское имя Аюп — арабская версия библейского Иова, что означает «преследуемый» или «раскаявшийся». Называя сына Аюпом, родители желали ему стать богобоязненным и достойным человеком. Есть и другая трактовка: имя могло быть фонетическим вариантом имени Аюб, которое, по мнению востоковеда Л. Будагова, восходит к арабскому слову ajb — «вина, порок, повреждение». В таком случае имя служило оберегом: родители надеялись, что названный «изъяном» ребенок вырастет здоровым и добросердечным.

Но фамилия Аюповых известна не только лингвистикой, но и генеалогией. Род принадлежит к древнему княжескому роду, известному с 1507 года. Его основоположником считают князя Айюпа (Эйюпа), погибшего в 1552 году при защите Казани от войск Ивана Грозного. По преданию, Аюповы — одна из ветвей династии Айюбидов, ведущей начало от султана Насира Салах ад-Дина (ум. 1193), освободившего Иерусалим от крестоносцев. Его сын ал-Афдал основал в Иерусалиме религиозное училище, а брат ал-Адил построил знаменитые фонтаны для омовения на Храмовой горе. Позже потомки Айюбидов, живя в Турции, торговали с Россией и Европой, а затем осели в Крымском ханстве и на территории современного Татарстана.

Документальные свидетельства о фамилии встречаются в Памятных книгах Казанской губернии. В Книге Республики Татарстан упомянут Бикхузя Аюпов, родившийся в 1865 году в селе Аксу Буинского района, а также мулла Даут Мифтахетдинович Аюпов (р. 1886) из села Березняки Кукморского района. Эти записи подтверждают, что фамилия Аюпова бытовала среди татарского духовенства и крестьянства, сохраняя связь с древней династией, чьи корни уходят в эпоху крестовых походов.