Фамилия Аюповы — один из тех редких случаев, когда за фамилией стоит не просто личное имя, а целая историческая династия. Начать разбор стоит с имени-основы. В основе фамилии лежит мусульманское мужское имя Аюп, арабский вариант древнееврейского имени Иов, что означает «преследуемый» или «раскаявшийся». Называя сына Аюпом, родители желали ему стать богобоязненным и достойным мусульманином.

Есть и вторая, менее очевидная версия происхождения имени. Имя Аюп может быть фонетическим вариантом имени Аюб, которое, по мнению лингвиста Л. Будагова, восходит к арабскому слову ajb — «вина, порок, повреждение». В этом случае имя выполняло роль оберега: родители надеялись, что ребёнок вырастет здоровым и добросердечным, минуя все пороки, заложенные в имени.

Но главная особенность фамилии Аюповы — её связь с княжеским родом, известным с 1507 года. Родоначальником считается князь Айюп (Эйюб), погибший в 1552 году при защите Казани от войск Ивана Грозного. По одной из версий, Аюповы — ветвь династии Айюбидов, ведущей начало от султана Насира Салах ад-Дина (ум. 1193), освободившего Иерусалим от крестоносцев. Его сын ал-Афдал основал в Иерусалиме религиозное училище, а брат Салах ад-Дина построил фонтаны для омовения на территории ал-Харам аш-Шариф.

Некоторые представители династии, живя в Турции, торговали с Россией и Европой. Их потомки, включая князя Айюпа, обосновались в Крымском ханстве, а позже переехали на территорию современного Татарстана. В Книге Республики Татарстан упомянут Бикхузя Аюпов, родившийся в 1865 году в селе Аксу Буинского района, а также мулла Даут Мифтахетдинович Аюпов (р. 1886) из села Березняки Кукморского района.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Аюпа). Несмотря на княжеское происхождение, суффикс не выдаёт сословной принадлежности — в России фамилии на -ов получали и дворяне, и крестьяне. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения конкретной ветви Аюповых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.