В основе фамилии Аюпов лежит мусульманское личное имя. Фамилия Аюпов ведет свое начало от мусульманского мужского имени Аюп, которое является арабским вариантом древнееврейского имени Иов, означающего «преследуемый, раскаявшийся». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать богобоязненным человеком, достойным мусульманином. Согласно другой версии, имя Аюп представляет собой фонетический вариант имени Аюб, которое в силу своего значения могло выполнять роль оберега. По мнению Л. Будагова, данное имя восходит к арабскому слову ajb, которое переводится как «вина, порок, повреждение». Следовательно, родители могли назвать своего сына Аюбом в надежде, что он вырастет здоровым и добросердечным мужчиной. Фамилия Аюповых принадлежит древнейшему княжескому роду, известному с 1507 г. Его основоположником считается князь Айюп (Эйюб), погибший в 1552 г. при защите Казани от войск Ивана Грозного. Род Аюповых является одной из ветвей династии Айюбидов, ведущей начало от султана Насира Салах ад-Дина (?-1193), освободившего священный Иерусалим от крестоносцев. Его сын ал-Афдал (?-1225) основал в Иерусалиме религиозное училище Ал-Мадраса ал Афдалиййа. Брат Салах ад-Дина ал Адил (?-1217 г.) построил фонтаны для омовения, а также для питья на территории ал-Харам аш-Шариф в Иерусалиме. Некоторые представители династии Аюбидов, будучи жителями Турции, вели активную торговлю с Россией и европейскими странами. Их потомки, в числе которых был и князь Айюп, со временем обосновались в Крымском ханстве, а позже переехали на территорию современного Татарстана. Так, например, в Книгу Республики Татарстан Бикхузя Аюпов, родившийся в 1865 г. в селе Аксу Буинского района Казанской области. В этом же источнике содержится информация о мулле Дауте Мифтахетдиновиче Аюпове (р. 1886) из села Березняки Кукморского района Казанской области. Безусловно, фамилия Аюпов представляет собой замечательный памятник исламской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Аюпов можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.