Фамилия Аюбовы — один из тех случаев, когда фамилия прямо указывает на имя родоначальника и на его восточные корни. В основе лежит личное имя Аюб, которое восходит к древнетюркскому языку. Если разобрать его значение, то оно составное: «айу» (медведь) и суффикс со значением силы или власти. Таким образом, имя Аюб переводится как «князь, сильный как медведь» или «медвежий князь». Для тюркской традиции имя, связанное с медведем, было оберегом и пожеланием силы, поэтому родители, называя так сына, желали ему стать храбрым и отважным воином.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Аюбов, то есть сын или потомок Аюба. Такая модель стала основной для адаптации инородных имён в русской среде в XV–XVII веках, когда в состав служилого дворянства и казачества активно вливались выходцы из тюркских народов — потомки половцев, печенегов и татар Золотой Орды. В родословных книгах того времени нередко встречаются записи, подтверждающие, что предок-родоначальник носил «восточное имя» и выезжал на службу к московским князьям.

В отличие от многих фамилий, которые со временем утратили связь с исходным прозвищем, Аюбовы сохранили прозрачную этимологию. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где говорили по-русски, но сам корень остался тюркским. Это делает фамилию Аюбов характерным памятником восточной письменности и культуры, вплетённым в русскую ономастику.