Фамилия Аженко — яркий пример украинской модели фамилии, и её разумнее всего анализировать с суффикса. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Аженко — это буквально «сын Ажена» или «потомок Ажа».

Основа фамилии — Аж или Ажен. Здесь есть две равноправные версии, и обе имеют право на жизнь. Первая: основа происходит от уменьшительной формы канонического имени Афанасий. В украинской народной традиции это имя давало множество сокращений: Афоня, Афеня, Ажна, Ажко. Форма «Ажен» могла возникнуть как промежуточный вариант между Афанасием и Аженко. Вторая версия: основа связана с польским или украинским прозвищем от глагола ажить (оживать, становиться бодрым) или от диалектного аж (даже, аж). В таком случае Ажен — человек, которого прозвали за живость, резкость или, наоборот, за какую-то особенность речи (например, часто употреблял слово «аж»).

Географически фамилия Аженко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине. Это зона, где фамилии на -енко массово вытеснили другие модели уже в XVII–XVIII веках. Сословно носители фамилии почти наверняка были казаками или крестьянами — в тех краях фамилии на -енко редко встречались у шляхты.

Интересная деталь: фамилия Аженко не имеет «великорусского» варианта на -ов или -ин, что говорит о её устойчивости именно в украинской среде. Если бы носитель переехал в Московское государство, его могли бы записать как Аженков, но этого не произошло, и фамилия сохранила исходную форму. В русских документах она встречается редко, в основном у потомков переселенцев с Украины.

Спорных версий здесь немного — разве что попытка связать корень с тюркским аж (горечь, яд) или с греческим αζέν (осел). Эти гипотезы слабы, так как не объясняют суффикса -енко и не подтверждаются ареалом фамилии. Правдоподобнее всего — народное имя от Афанасия или безобидное прозвище, закрепившееся за родом.