Фамилия Бабалин — редкий случай, когда суффикс -ин вступает в спор с основой. С одной стороны, всё прозрачно: -ин — притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность человеку с прозвищем или именем Бабала. С другой — такого имени или прозвища в древнерусских источниках почти нет, а значит, перед нами либо местная диалектная форма, либо искажение на письме.

Самая вероятная версия: Бабалин восходит к тюркскому прозвищу. В татарском и башкирском языках «баба» означает «дед», «предок», «старик», а «бабай» — почтительное обращение к старшему мужчине. Суффикс -лы/-ле в тюркских языках даёт значение «имеющий», «обладающий» (сравни: башлы — «головной», «главный»). Таким образом, «бабалы» — «имеющий деда», «почтенный старец» или «потомок уважаемого предка». При переходе в русскую среду это слово могло осмыслиться как имя Бабала, от которого и появилась фамилия Бабалин. Такой путь типичен для фамилий волго-уральского региона, где русское население веками соседствовало с тюркским.

Менее убедительна, но возможна версия от русского слова «баба» (женщина, жена). В этом случае Бабала — прозвище человека, чем-то похожего на женщину (например, чрезмерно заботливого или женоподобного), либо сына, выросшего без отца, «при бабе». Однако суффикс -ал- в русских прозвищах встречается редко (сравни: Козёл — Козла, но не Козала), поэтому эта гипотеза слабее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам активного русско-тюркского контакта. В дореволюционных списках Бабалины встречаются в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Это косвенно подтверждает тюркскую основу.

Если отбросить сомнительные версии, то носители фамилии Бабалин с высокой вероятностью происходят из среды крестьян или мещан, чей предок носил тюркское прозвище Бабала (почтенный старик, уважаемый человек). Со временем имя забылось, а фамилия осталась — и теперь её обладатели могут считать себя потомками того самого «бабалы», хранителя родовой памяти.