Фамилия Бабанкеев — редкая и неочевидная. Её основа — не имя, а, скорее всего, прозвище или тюркское слово. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово по частям.

Корень здесь — «бабанк» или «бабан». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «бабан» может означать «дедушка», «предок» или быть формой обращения к старшему. Однако суффикс «-еев» (а не «-ов») указывает на то, что фамилия образована не напрямую от этого слова, а от прозвища Бабанкей. В таком случае «-ей» — это уменьшительно-ласкательный или уничижительный аффикс, распространённый в тюрко-татарской среде. Получается, Бабанкей — это «дедушка» или «старичок», но не в прямом смысле, а как прозвище. Им могли назвать человека, который выглядел старше своих лет, был рассудителен или, наоборот, ворчлив, как старик.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах русского юга «баба́нкой» называли вид рыбы или крупную лягушку. Тогда Бабанкеев — потомок человека, которого прозвали за сходство с этой живностью. Но эта гипотеза слабее: во-первых, суффикс «-еев» для чисто русских прозвищ от названий животных нехарактерен (было бы «Баба́нков»), во-вторых, географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — зоне активного татаро-русского контакта.

Модель образования фамилии — типичная для крещёных татар и мишарей: тюркское прозвище на «-ей» + русский суффикс принадлежности «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягкого согласного). Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. В дореволюционных метрических книгах Бабанкеевы встречаются в Казанской, Симбирской и Оренбургской губерниях. Фамилия осталась локальной и не разошлась широко по стране, что только подтверждает её узкое диалектное или этническое происхождение.