Фамилия Бабинины — редкий случай, когда родовое имя почти наверняка происходит не от личного имени, а от названия населённого пункта. В этом её главное отличие от более массовых «Бабиных» и «Бабаевых», которые образованы напрямую от прозвища или имени.

Основа фамилии — топоним Бабино. Деревни и сёла с таким названием встречаются по всей России: в Нижегородской, Тверской, Вологодской, Кировской и многих других областях. Человек, переехавший из такого села в другую местность, получал прозвище «Бабинин» — то есть выходец из Бабина. Суффикс -ин здесь работает по той же модели, что и в фамилиях Туляк → Тулянин, Москва → Москвин, но с окончанием на -ы, характерным для обозначения целого рода или семьи. В документах XVIII–XIX веков форма «Бабинины» закрепилась как указание на «фамилию семьи» — так в ревизских сказках писали целые крестьянские династии.

Версия происхождения от прозвища «Бабиня» (например, женоподобный или изнеженный мужчина) менее вероятна. Такое прозвище было бы крайне редким и уничижительным, и вряд ли дало бы устойчивую фамилию, да ещё с таким разветвлением. Куда логичнее, что предки Бабининых — крестьяне или однодворцы, переехавшие из одного из многочисленных Бабиных и получившие фамилию по месту прежнего жительства.

Обратите внимание на окончание -ы. Оно указывает, что перед нами форма множественного числа, типичная для старых русских фамилий, которые первоначально обозначали «семью таких-то». В быту фамилия могла склоняться и в единственном числе: «Бабинин», «Бабинина». Форма «Бабинины» сохранилась в официальных документах как родовое имя, что встречается у фамилий, образованных от названий деревень на -ино.