Фамилия Бабиньян — типичный пример армянской родовой фамилии, где суффикс «-ян» (в более старом написании «-янц») указывает на принадлежность к клану или дому. В армянской ономастике такие фамилии отвечали на вопрос «из какого рода?». Основа здесь — тюркское мужское имя Баба. В разных тюркских языках у слова «баба» широкий спектр значений: от «отец», «предок», «почтенный старец» до «дед» (у туркмен, татар, казахов) и даже «полководец» (у турок). Общее во всех случаях — почтение и старшинство: Бабой называли уважаемого главу семьи или рода.

Модель образования фамилии прозрачна: к личному имени Баба добавили армянский патронимический суффикс «-ин-» (вариант «-ян-»), который в сочетании с основой дал форму Бабиньян. Первоначальное значение — «из рода Бабы», то есть потомок или член семьи того самого уважаемого Бабы. Этот же корень дал жизнь целому кусту родственных армянских фамилий: Бабаян, Бабинян, Бабикян — все они восходят к одному прозвищу-имени, но различаются суффиксальными вариантами, характерными для разных диалектов или ветвей рода.

Интересно, что фамилия Бабиньян встречается реже, чем более распространённая Бабаян. Формант «-ин-» в середине фамилии — нечастый признак, он может указывать на диалектное произношение или на то, что фамилия закрепилась в определённом регионе исторической Армении, где предпочитали именно такую огласовку. В любом случае, носитель фамилии Бабиньян может быть уверен: его предки носили прозвание по старшему в роду, и сама фамилия — прямое указание на клановую организацию армянского общества, где имя родоначальника становилось фамильным знаком на поколения вперёд.