Фамилия Бабнюхова — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, ясна, а суффикс ставит в тупик. Если отбросить окончание -а, указывающее на женский род, то мужской вариант — Бабнюхов. В основе лежит слово «бабня» или «бабняк» — в русских говорах так называли женолюба, повесу, а то и просто бабника. Человек, получивший такое прозвище, вероятно, был известен своим вниманием к противоположному полу. Однако суффикс -юх- не типичен для стандартной русской фамилии. Обычная модель — Бабников или Бабкин. Формант -юх- характерен для украинской и белорусской ономастики: ср. фамилии Костюх, Мартюх, Иванюха. Это даёт основание предполагать, что прозвище Бабнюх родилось на юго-западе, а затем обрусело, получив типичный русский суффикс -ов, который превратил его в фамилию.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с диалектным глаголом «бабнюхать», который в некоторых областях означал «нянчиться с детьми», «возиться с бабами». В этом случае прозвище могло принадлежать мужчине, который выполнял женскую работу или оставался с малышами, пока женщины трудились в поле.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и приграничным с Украиной районам. В дореволюционных метрических книгах Бабнюховы встречаются в Воронежской и Курской губерниях, что косвенно подтверждает смешанное происхождение. Носитель фамилии мог быть крестьянином, но не из центральной России, а с чернозёмных окраин, где языковые границы были размыты.

Что касается социального статуса, то прозвище, ставшее фамилией, не указывает на дворянское или духовное сословие. Скорее всего, предки Бабнюховых — крепостные или государственные крестьяне. Прозвище давалось по поведению или привычке, а не по ремеслу, поэтому искать профессиональный корень здесь не стоит. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не столько занятие, сколько человеческую черту, и к тому же — с нехарактерным для великорусских земель суффиксом.