Фамилия Бачелис стоит особняком в ряду русских фамилий. Её выдает суффикс -ис: это не типичная русская модель вроде -ов, -ин или -ский. Такое окончание — верный признак того, что фамилия пришла из литовской или латышской среды, где -is — стандартный грамматический показатель мужского рода (как в литовских фамилиях Сабонис, Ландсбергис). В русской записи оно упростилось до -ис, хотя в оригинале могло звучать как -ис или -ис.

Основа Бачел- — это, скорее всего, вариант литовского слова basas (босой, голый) или его производных. В литовском языке есть слово bačelis — уменьшительная форма от «босой» (basas + уменьшительный суффикс -elis). Так могли прозвать человека, который ходил босиком, не носил обуви, или, в переносном смысле, бедняка. Встречается и другая версия: от личного имени Бачелис — так в средневековой Литве могли называть человека по отцу, где Бачя — сокращение от имени типа Бенедиктас (Бенедикт). Но первая версия, с прозвищем по внешнему признаку, выглядит убедительнее: прозвища такого рода давали наглядно, их легче закрепить за конкретным человеком.

География фамилии тоже подсказывает её происхождение. Бачелисы встречаются в основном на территории бывшего Великого княжества Литовского: в современной Литве, в Беларуси, а также в западных областях России (Смоленская, Псковская, Брянская области). В этих краях фамилии на -ис не редкость: они переходили в русский обиход вместе с носителями, особенно после присоединения литовских земель к Российской империи в XVIII–XIX веках.

Таким образом, предки человека с фамилией Бачелис — скорее всего, литовцы или белорусы, жившие на землях, где литовский язык был в ходу. Прозвище Бачелис могло закрепиться за крестьянином или ремесленником, который выделялся простотой или бедностью, и со временем стало родовым именем. В русской среде фамилия сохранила свою иноязычную форму, не склоняясь по падежам как типичные русские фамилии.