Фамилия Багдадян — одна из тех, где ясно слышна география. В её основе лежит название города Багдад, столицы современного Ирака. Армянский суффикс -ян (в старой записи -янц) указывает на принадлежность к роду: буквально Багдадян означает «из рода Багдада» или «потомок выходца из Багдада». Так что, скорее всего, основатель рода был уроженцем этого древнего города.

Сам топоним Багдад имеет прозрачную иранскую этимологию: «баг» — «бог» и «дад» — «дар». Вместе выходит «божий дар». Интересно, что у города есть и официальное арабское название Дар-Эс-Салам, то есть «обитель покоя», но оно осталось в документах и не прижилось в живой речи. В народе и в фамилиях закрепилось именно старое иранское имя.

Модель образования типична для армянских фамилий: формант -ян (или -янц) первоначально означал «из семьи таких-то» или «из рода таких-то». Поэтому Багдадян — это не прозвище по ремеслу или черте характера, а указание на географическое происхождение. Такие фамилии нередко встречаются среди армян, чьи предки жили или торговали на Ближнем Востоке, в частности на территории исторической Армении и сопредельных областей Османской империи и Персии.

Разные ветви рода могли носить фамилию в вариантах Багдадянц или Багдатов, но основа остаётся той же. В русском языке фамилия закрепилась в форме Багдадян, хотя в дореволюционных записях иногда встречается Багдадов — по аналогии с русскими фамилиями на -ов.