Фамилия Багенова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Багенов. В русской традиции такие фамилии образуются с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Багена». Суффикс -ов типичен для центральной России и Поволжья, но здесь он наложился на нетипичную для славян основу. Дело в том, что корень «баген» не имеет прямого значения в русском языке, и это сразу подсказывает, откуда пошла фамилия.

Скорее всего, Багенов — это русифицированная форма тюркской или монгольской фамилии. В татарском, башкирском или казахском языках есть личное имя Баген (Багин, Баган), которое восходит к слову «бага» — «лягушка» или, в переносном смысле, «маленький», «цепкий». У тюркских народов такие прозвища давали не в обиду, а как оберег: считалось, что имя «некрасивого» животного отпугнёт злых духов от ребёнка. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с калмыцким «баг» — «маленький», «младший». Тогда Баген — это «младшенький», младший сын в семье.

Когда носители такой фамилии переселялись в русскоязычную среду (например, после присоединения Казанского ханства или в ходе освоения Урала), их имя или прозвище записывали на русский лад: к основе Баген добавили суффикс -ов. Так фамилия стала звучать как типично русская, сохранив иноязычный корень. Встречается она в основном в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и среди казахов северных регионов. Интересно, что в старых метрических книгах можно найти варианты «Богенов» или «Багинов» — это следы разного произношения гласных в тюркских диалектах.

Таким образом, предки современных Багеновых с высокой вероятностью были тюрками (татарами, башкирами или казахами), принявшими православие и русифицировавшими фамилию. Само прозвище Баген указывает либо на обережное имя от «лягушки», либо на положение младшего в семье. Фамилия не дворянская, а крестьянская или казачья — её носители чаще всего были рядовыми земледельцами или скотоводами, а в более позднее время — мещанами.