Фамилия Бакариус — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Самая вероятная версия — латинская или латинизированная основа. В латыни «baca» означает «ягода», а суффикс «-arius» образует названия профессий или лиц по роду занятий (например, «bibliothecarius» — библиотекарь). Таким образом, «bacarius» могло означать «ягодник», «торговец ягодами» или «сборщик ягод». Форма «Бакариус» — это русифицированное окончание, типичное для фамилий, которые пришли в Россию через польское или немецкое посредничество.

Вторая, менее очевидная версия — происхождение от немецкой фамилии Baccharus или Bacharius. В немецких землях такая фамилия могла возникнуть от названия профессии пекаря (Bäcker) или от топонима, связанного с ручьем (Bach). В любом случае, фамилия явно не крестьянская и не массовая: носителями Бакариус в Российской империи чаще всего были люди образованных сословий — духовенство, медики, аптекари, преподаватели. Латинские и псевдолатинские фамилии давали в семинариях выпускникам, чтобы подчеркнуть их ученость, но здесь скорее всего фамилия уже пришла в готовом виде из Западной Европы вместе с переселенцами.

С точки зрения словообразования, фамилия не вписывается в типичные русские модели: в ней нет патронимического суффикса (-ов, -ин, -ский), а окончание «-ус» выдает искусственное или заимствованное происхождение. Встречаются единичные упоминания Бакариусов в метрических книгах Киевской, Волынской и Могилевской губерний — регионах, где исторически было сильное польское и немецкое влияние. Возможно, предки носителя фамилии были аптекарями или врачами: латынь долго оставалась языком фармации, и фамилия могла закрепиться за династией лекарей.

Сегодня фамилия Бакариус остается крайне редкой. Её носители могут проследить свои корни в основном до западных губерний Российской империи, а сама фамилия — яркий пример того, как профессиональное прозвище на латинской основе превратилось в родовое имя, сохранившее необычное звучание через столетия.