Фамилия Бакбаев звучит на тюркский лад, и это первое, что бросается в глаза. Её основа — «бакбай» — скорее всего, восходит к казахскому или киргизскому слову «бақбай», что означает «огородник», «садовод», «бахчевод». В тюркских языках «бак» (бах) — это сад, огород, а «бай» — богатый, хозяин. Получается, что прозвище Бакбай могли дать человеку, который держал бахчу, выращивал дыни и арбузы, или же просто зажиточному садоводу. Это одна из самых прямых и логичных версий.

Суффикс «-ев» в русской огласовке фамилии указывает на её оформление уже в русской языковой среде. По модели тюркские имена и прозвища на «-ай» (Кудайберген — Кудайбергенов, Бактыбай — Бактыбаев) при русификации получали стандартное окончание «-ов/-ев». То есть носитель фамилии — потомок человека, которого в тюркской среде звали Бакбай, а при переходе в русскоязычную документацию фамилия закрепилась как Бакбаев.

Есть и менее очевидная версия, связанная с именем Бакбай как составным антропонимом. В казахской ономастике «Бак» может быть сокращением от имени «Бакыт» (счастье), а «бай» — традиционный компонент, означающий богатство, достаток. Таким образом, Бакбай могло быть личным именем со значением «богатый счастьем». В этом случае фамилия Бакбаев — отчество, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Бакбая.

Географически фамилия Бакбаев распространена в Казахстане, Кыргызстане, а также среди башкир и татар. В России она встречается преимущественно в Оренбургской, Астраханской областях и в республиках Поволжья — там, где издавна были сильны тюркские общины. При этом фамилия не частотна, что делает её носителей обладателями довольно редкого родового имени.

Интересно, что в русском языке фамилия Бакбаев может писаться и через «а» — Бакбаев, и через «о» — Бокбаев, что связано с особенностями передачи тюркских гласных звуков в русской записи. Встречаются варианты Бакбай, Бакпаев — это уже результат адаптации в разных диалектах и при разных писарях.